Se cuenta que en 1525 una expedición naval española, capitaneada por Don Henrico de Acuña, que se dirigía a las Molucas, pasando por el estrecho de Fernão de Magalhães, fué obligada a refugiarse en la Bahía de Garopaba, al escaparse de una tormenta. Los expedicionários encontraron allí a la tribu Carijó, que vivía de la pesca, de la caza y de producción de verduras y raízes. Pero recién en 1666 comenzaron a instalarse en Garopaba los primeros inmigrantes azorianos. En el siglo XVII se intensificó la inmigración. En 1793 fué creada Armação de São Joaquim de Garopaba, que duró hasta 1846, cuando la localidad fué elevada a la categoria de Freguesia.
En la época, el producto de gran procurado era el aceite de ballenas, que eran pescadas en la región. Este aceite servía para la iluminación pública, también para la mescla com argamasa, haciendo el papel de cemento, que aún no existía. En 1864 asume la parroquia el padre italiano Rafael Faraco, hombre dinámico y actuante que, gracias a su trabajo, le dió un impulso al pueblo de pescadores, obteniendo, con su esfuerzo, la condición de município para Garopaba, lo que sucedió el dia 6 de marzo de 1890. Garopaba siguió siendo un pueblo de pescadores hasta recientemente, al ser descubierta por campistas, que en el verano armaban sus carpas a orillas del mar, y después por los surfistas, en razón de sus playas, excelentes para el surf. En los últimos años Garopaba ha sido descubierta por los turistas, entre ellos argentinos y uruguayos. Con todo, la mayor parte de sus veranistas aún es de gaúchos, que han hecho de Garopaba la opción para sus vacaciones.