Se cuenta que en 1525 una expedición naval española, capitaneada por Don Henrico de Acuña, que se dirigía a las Molucas, pasando por el estrecho de Fernão de Magalhães, fué obligada a refugiarse en la Bahía de Garopaba, al escaparse de una tormenta.
Los expedicionários encontraron allí a la tribu Carijó, que vivía de la pesca, de la caza y de producción de verduras y raízes. Pero recién en 1666 comenzaron a instalarse en Garopaba los primeros inmigrantes azorianos. En el siglo XVII se intensificó la inmigración. En 1793 fué creada Armação de São Joaquim de Garopaba, que duró hasta 1846, cuando la localidad fué elevada a la categoria de Freguesia.